Los Bandeirantes se convertirían en figuras centrales en la historia política de São Paulo en el siglo XVII, y la autoridad local de los explotadores, más que los intereses de la Iglesia Católica y de la propia corona portuguesa. En 1640, la fuerte oposición de los jesuitas a la captura y venta de indígenas como esclavos por los Bandeirantes dio lugar a una serie de conflictos entre los dos grupos, que culminó el 13 de julio de ese año, con la expulsión de los jesuitas de São Paulo, como tenía el apoyo de comerciantes de la población. Los jesuitas sólo habría obtener permiso para regresar a São Paulo en 1653.

Estratégicamente situado frente a las principales carreteras hacia el interior, y bañado por el río Tiete (cuyo curso natural servido ruta de acceso al interior de la capitanía y la corriente del Medio Oeste), São Paulo se convirtió en el principal centro del movimiento bandeirante, especialmente en la década de 1660 fue la ciudad que dejó expediciones históricas: Fernão Dias Pais, Antonio Raposo Tavares, Domingos Jorge Velho y Bartolomeu Bueno da Silva, entre otros Bandeirantes.

En 1690, los bandeirantes paulistas descubrieron oro en el "Sertão de Cuieté" estado actual de Minas Gerais. Repetir la hazaña unos años más tarde, en Mato Grosso y Goiás. En primer lugar para explorar y ocupar el territorio minero, los paulistas pronto se enfrentan a la competencia de los luso-brasileños de otras regiones de la colonia, que culminaron en el conflicto llamado Guerra de Emboabas. El descubrimiento de São Paulo provocó la primera vez la atención del reino portugués sobre el pueblo, como São Paulo, en este punto, no sólo concentra la partida de expediciones, sino también convertirse en el núcleo de la irradiación de las corrientes de población en su camino de Minas Gerais y más tarde para Mato Grosso y Goiás. como resultado, en 1709, São Paulo sustituye a São Vicente como la sede administrativa de la capitanía (que ha cambiado su nombre a la capitanía de São Paulo y Minas de Ouro). En 1711, São Paulo es elevado a la ciudad. Cuenta en el año 9.000 habitantes.

Mientras que la carrera por el oro minería ha enriquecido muchas Conquistadores Paulistas, el efecto en la ciudad era todo lo contrario. La despoblación empobrecido São Paulo, que ha visto un largo período de estancamiento en el crecimiento económico. Con el agotamiento de los yacimientos mineros en la segunda mitad del siglo XVIII, la situación empeora, y muchos paulistas regresar a sus lugares de origen. La ciudad recibe nuevo flujo de población y trata de reorganizar su actividad económica.

El ciclo del Azúcar

La plantación de la caña de azúcar es estimulada en las zonas sureste de la capital, y se instalan grandes fábricas de tejidos y de fundición. En 1792, la apertura de la Carretera del Lorena, el trabajo de ingeniería importante de la época colonial, que conecta las ciudades de São Paulo y Santos, proporcionar las condiciones adecuadas para el transporte de azúcar y otros productos alimenticios producidos dentro de la capitanía. São Paulo se beneficia de su posición geográfica estratégica como cruce de caminos naturales de las rutas de transporte entre el interior y la costa de la colonia. A continuación, afirma que es un centro de compras, a través de lo que fue el flujo de producción, hacia el puerto de Santos.

En 1750, con la expulsión de los jesuitas en Brasil, esta vez según lo determinado por el Marqués de Pombal, que las mercancías sean objeto confiscado. La iglesia de la Compañía, se transforma en la sede de la capitanía de administración ahora ya separados de Minas Gerais y renombrados capitanía de São Paulo.